将上海建设成具有中国特色、时代特征、上海特点的亚洲医疗中心之一，这是上海卫生事业“十五”期间的发展目标。为实现这一目标，本市卫生系统将以建设医疗服务、疾病控制、卫生监督三大体系为载体，以推进投融资机制、运行机制和补偿机制这三项机制改革为抓手，深化医保、医疗、医药“三医”联动改革，实现体制、机制的创新。
　　本市将积极探索、扎实推进投融资机制改革，实行管办分离和多元化办医。将率先在市级医疗机构进行市级财力拨款改投资的改革试点，近期将正式组建上海卫生国有资产经营有限公司和上海卫生投资有限公司。专项经费的投入重点支持临床医疗中心、医院公共设施的建设。计划在5年内投入10个亿重点建设20－30个临床医疗中心，相当于本市“八五”、“九五”期间卫生投入的总和，目前已有中山医院肝肿瘤学等首批12个临床医学中心开始建设。
　　为实现“以病人为中心，以比较低廉的价格提供比较优质的基本医疗服务”这一“三医”改革总目标，本市将通过继续执行“总量控制，结构调整”政策，以及实行药品集体招标采购，来降低药品价格，控制医疗费用。同时，改革医院补偿机制，理顺收费价格体系；逐步建立收费价格合理调整机制，提高医疗劳务价格；拉开不同等级医院服务收费标准差距。
　　本市将通过引入竞争机制，改革人事制度，建立人员能进能出、干部能上能下的人才流动机制。与此同时进行的分配制度改革，将探索协议工资制、年薪制等多种形式的分配方式。另外，将大力推进后勤服务集团的组建和后勤服务的连锁经营，鼓励将医院后勤服务委托给社会企业，实行市场化管理，降低成本，提高效益。
　　根据区域卫生规划，合理调整医疗机构的网点布局，提高资源利用效率，建设以区域医疗中心和社区卫生服务中心为框架，政府调控下的社会多元办医的医疗服务体系。今年本市将启动标志性医院建设和具备条件的三级医院的迁建、改建工作，重点建设市一、曙光、儿科医院等工程项目，完成城区44所社区卫生服务中心的标准化建设。