复旦大学与上海医科大学合并以来，积极致力于医学与诸多学科的融合。学校特设了Med－X基金，以此为纽带，通过项目合作，实现了两校技术平台和科技资源的共享，大幅提升了科研实力，拓宽了科研领域。
　　复旦大学是国内最早开始遗传学研究的高校，而原上海医科大学在医学领域有很强的实力。为了整合科技资源，使“两强”发挥出更大的创新能力，复旦领导决定设立Med－X基金，通过科研项目交叉合作，促进医学与生命、材料、管理等学科的融合。首批项目共设23项，总经费达514万元，项目承担单位涉及枫林校区的医学院、药学院和公共卫生学院，邯郸校区的遗传所、电子工程、化学、现代物理、经济学院等多个院系所，以及中山、华山医院等六所附属医院。
　　学科融合显示出强劲的创新能力。这23个项目中，现已有2个获得国家自然科学基金、2项获教育部重大课题、卫生部重大课题1项、上海市科委重点基金3项，另有3项分获上海市科技启明星跟踪计划、上海市卫生局重点项目，以及上海市环保局重点基金。比如“环境化学污染物致机体损伤及其防御的基础研究”项目，是复旦与中国预防医学科学院联合申报成功的2002年“973计划”项目。中国预防医学科学院之所以选择复旦作为合作伙伴，就是因为看中复旦大学生命科学院与医学院结合后的研发实力居于国内前列。枫林校区宋后燕教授的分子医学实验室就是在两校合并后，得到科技资源的支持，成功建成教育部重点实验室的。两校融合后，在医学科研领域也取得了可喜的成绩。近两年，复旦在“中华医学奖”的评选中，共获得一等奖2项、二等奖5项，数量与质量均居上海之首。
　　1999年，复旦大学科研处到款的研究经费7000万元左右，上海医科大学不满3000万元。而两校合并，实行学科融合措施后，科研经费每年以30－40％的速度增长，2001年超过2亿元，2002年超过了2.5亿。学科融合为复旦的发展提供了更大的发展空间，明年复旦将启动“重点实验室访问学者计划”，设立100个访问学者名额，这个计划将会进一步促使医学与其它学科的交叉融合，取得更多科研成果。