复旦大学1999年制定的“三年行动计划”提出：将知识创新和技术创新水平作为创建高水平研究型大学的重要标志。三年来，该学校积极进取，扎实工作，科研工作得到长足发展。
　　1999年度学校科研经费实际到款8000多万元（邯郸校区），2000年度增加到1.4亿元（其中邯郸校区为1.2亿元），2001年度超过1.8亿元，年增幅达50%。2001年度全国新增“973”项目18项，该校获得3项，居全国第一。国家高技术研究发展计划“863”“十五”首批课题申报中，该校在生物技术和现代农业领域共有18项通过复评、立项，为全国高校同领域第一。卫生部“十五”医学重点攻关项目，上海高校获得6项，全为该校囊括。三年来，复旦大学主要抓了四方面的工作。
　　一、以项目为抓手，带动学科建设
　　该校科研工作强调以大项目为突破口，调整学科布局，扶植新的学科增长点。2000年以来，该校和上海市科委邀请美国耶鲁大学、杜克大学等学校的专家与国内研究人员，共建发育生物学基地。为重点建设神经生物学学科，除了加强原有的医学院国家重点实验室和生命科学学院脑科学研究中心外，还从中科院整体引进了杨雄里教授领衔的神经生物学研究所。在医学与其它学科交叉领域，学校设立Med-X基金，增强重点项目的培育、组织和支持。
　　该校积极响应科技部和上海市的建议，参与上海微电子产业基地建设。建立复旦微电子研究院，促进我国微电子技术和产品的开发，为上海和全国培养微电子人才。同时，与软件大学爱尔兰都柏林大学合作，筹划组建了软件学院，这是教育部首批扶持的示范性软件学院之一。该校还积极探索与上海市经委共建纳米科技中心，与上海农科院合作组建农业研究院的科研模式。
　　二、鼓励原创性科研，推进交叉学科研究
　　学校设立专项科研启动基金，根据国家科技发展的重点布局和重要需求，整合相关学科科研实力，鼓励原创性科研工作，支持交叉学科与优势学科研究。
　　遵循资源配备优化原则，该校设立Med-X基金，并确定了优先支持的4个研究领域：（1）后基因组、组织工程、基因疫苗等新技术、新领域在重大疾病（心脑血管疾并恶性肿瘤与病毒性肝炎）诊治中的应用研究；（2）创新药物（天然药物、靶向药物、基因药物）的研制；（3）生物医学工程（医学信息的提取与处理、新型医用材料的研制和开发、无创或微创性诊疗技术）；（4）医疗保健改革、卫生事业管理及医学与社会的软课题研究。
　　Med-X基金由学校以专项经费的形式投入，以科研立项的方式给予资助。首批73项申请中，有23项经过两次专家小组书面评审和论证入选，其中3项获得重点资助，包括乙型病毒性肝炎的基础及应用研究、神经肌肉创伤后功能恢复的基础研究和肝癌转移的分子遗传学机制研究等项目。
　　此外，学校还设立Nano-X基金，资助以纳米科学和纳米工艺技术为基础的科学技术研究。重点是纳米电子学、纳米医药学、纳米材料和纳米结构的制备及相关化学物理性质的研究等等。其它交叉项目还包括Bio-X，即以生命科学为核心的学科交叉领域；IT-X，以信息科学为核心的交叉科学研究；Economics-X，经济全球化和我国加入WTO带来的经济与其它领域问题研究；Synchrotron-X，即“上海同步辐射光源”应用交叉项目，它作为大范围的应用课题，联合了学校表面物理、材料结构、电化学、环境科学、生物物理等众多学科的科研力量。
　　学校还结合强项专业和特色学科，建立了两个科研特区，即国内第一个用模式生物大规模开展遗传学研究的发育生物学基地和神经生物学研究所。
　　三、创新科研体制，建立高效的管理体制
　　在科研工作体制上，学校设立重点实验室管理委员会、军工科技办公室和重大科技项目办公室，强化重大科研项目的组项功能，完善科研管理体制。并制定和调整了一系列科技政策，出台了鼓励创新的奖励制度，进一步规范科研项目经费管理，鼓励学术创新与科研发展。学校还结合岗位制度改革，设立20%流动编制，以吸引国内外优秀科技人才来校工作。对于在学术上持续发表多篇有国际影响论文的优秀青年学者，学校大力投入研究资金，提供各种优惠待遇，积极为他们创造科研条件。
　　在学校内部，强调科研评估体系的合理与公正，定期对院系的科研工作进行考核，突出科研工作的投入与产出的检验。针对科研人员中普遍存在的忽略项目申报与竞争以及大型立项较少的现象，学校领导和科研部门积极动员大家开拓创新、勇于申报，对团队合作大型项目的设想则多方推动，一旦时机成熟就积极立项。
　　四、加强科技交流，营造创新氛围
　　目前，学校既有科研管理部门组织的大型跨学科交叉学术沙龙，也有师生们自发组织的各类沙龙。由于打破了课题组的界限，一批跨系跨学科的重要项目得到催生。如“现代农业科技沙龙”，通过组织不同学科科研人员进行经常性的思想交流，提出了基因多样性与设计农业创新研究体系，得到了科技部的认同；“脑科学沙龙”联合校内外多种学科力量，向NSFC提出了“十五”期间重大基金项目“视觉系统中信息的分析和整合”的立项建议；“物质科学沙龙”联合物理、化学和材料科学等，通过邀请著名学者和活跃在科研第一线的中青年科学家来校报告，推动了复旦与兄弟单位间的实质性合作，由中科院物理所、金属所和学校的若干青年科学基金获得者组成的“低维磁性材料研究”的优秀群体正在崛起。学术沙龙已经成为推进学校学科交叉与科技创新的一种有效形式。
　　学校还通过与上海市经委签订全面战略合作意向，依托全市，充分、合理利用科技人才、设备与项目资源。近年来，学校多次举办国际学术会议，各种长、短期的对外学术交流项目蓬勃开展，2001年度对外学术交流达150余人次。