2006年，福建省各地各部门以保护商标权、著作权、专利权为重点内容，以货物进出口、定牌加工、各类展会为重点环节，深入开展保护知识产权专项行动。知识产权保护措施进一步落实，知识产权保护环境得到进一步优化，扶持发展了一批具有自主知识产权的技术和品牌，促进了科技创新，为推进海峡西岸经济区建设提供了良好的创新环境。
　　按照《福建省贯彻保护知识产权行动纲要（2006—2007年）实施意见》的部署，福建全福建省知识产权有关部门组织开展了一系列保护知识产权专项行动。工商部门突出重点，深入开展保护注册商标专用权专项整治行动，如莆田市工商局牵头开展了为期2个月的打击鞋类商标假冒侵权专项执法行动；版权部门开展了反盗版百日行动、打击非法预装计算机软件专项行动和打击网络侵权盗版专项行动；专利部门开展对大型批发市场、超市等专利行政执法检查；文化部门开展了以打击音像市场侵权盗版为主要内容的“阳光行动”；质监部门加大了打假维权工作的力度，查处各种伪造厂名、厂址、产地、标志类违法行为；经贸部门组织开展了展会知识产权监管的“蓝天会展行动”；海关部门加大进出口环节的知识产权保护，严厉打击进出境侵权违法行为；公安机关开展了“以破大案、挖团伙、端窝点、清源头”为目标的打击侵犯知识产权犯罪“山鹰二号”行动；检察机关充分发挥检察职能作用深入开展打击制假售假、侵犯知识产权犯罪活动；福建全省法院进一步建立健全保护知识产权行动专项工作机构和审判工作长效机制，加强侵犯知识产权案件的审判工作，保护知识产权工作取得新的成果。
　　省整规（保知）办加强与企业在保护知识产权方面的沟通和协调，召开了行政、司法部门与企业知识产权保护沟通协调会，10个省直部门与近20家知名企业进行了面对面的沟通交流，互通情况、宣传法规、研究对策。
　　福建省工商局积极参与制定《泛珠三角地区知识产权保护状况评估机制》；福建省知识产权局参加了泛珠三角区域“9＋2”知识产权合作论坛暨第三届泛珠三角区域知识产权合作联席会议；南平市知识产权局参加了闽浙赣皖四省九地市知识产权合作联席会议，探讨交流构建专利协作信息平台、开展专利行政执法协作等问题。
　　厦门市成立了保护知识产权协会、商标协会和版权协会，泉州市成立了名牌研究会、商标协会、保护知识产权协会和版权保护中心，把行业协会作为知识产权保护和创新的一个重要平台，有效发挥其自律作用，带动企业形成知识产权保护自我约束、相互监督的自律机制。
　　根据省政府办公厅印发的《关于推进实施商标品牌战略的工作意见》，福建省7个设区市政府、30多个县市政府制订出台了商标品牌战略实施意见。省版权局组织推广作为“全国版权保护示范区”“德化经验”，2006年发展了第二批15家版权保护重点企业，版权产业保护领域从原来的工艺品、计算机软件行业向动漫制作、网络游戏等创意产业拓展。围绕提高企业技术创新能力、促进企业自主知识产权总量增长和加速专利技术产业化进程三大重点，福建省知识产权局认真抓好厦门、福州、泉州三个国家知识产权试点城市和福建省第二批51家省级专利工作试点企业的专利试点示范工作，以点带面，推进专利试点示范工作的深入开展。