在公共卫生体系建设上，上海将采用政府主导与灵活运用市场机制相结合的办法。充分运用经济、法律、行政等手段，形成一个政府调控有力、社会广泛参与、应急能力强大、充分调动社会资源的宏观管理架构。这是8月15日举行的市卫生工作会议上透露的重要内容。
　　保证公共卫生项目建设经费至关重要。本市将确保疾病监测、传染病治疗、卫生执法等公共卫生核心业务的运行经费；逐步提高社区预防保健经费，到2005年达到每个居民20元，市财政将对困难的区县给予适当补贴。
　　在保证投入的前提下，本市将改革公共卫生投融资机制，形成政府投入为主、盘活存量和社会投入等多元化投资格局。引入市场竞争机制，提高资金的使用效益，探索政府购买服务的模式，将可由市场提供的公共卫生服务项目交给市场，鼓励各种市场主体参与竞争，并逐步将公共卫生机构中的此类业务向市场转移。同时，积极探索公共卫生机构收支两条线改革、政府购买服务等改革，积极引入市场机制，发挥市场配置资源的优势，提高资金使用效益。
　　本市还将整合体制内外资源，提高公共卫生资源使用效率。推进高校和CDC等公共卫生机构人才资源共享，通过工作人员相互兼职等形式，挖掘潜力，优化组合；建立涵盖CDC、公共卫生中心、高校、社会的开放式实验室平台；建立各医疗卫生单位、高等院校、研究机构的资源共享机制，通过项目合资、人员兼职、设备共享，充分利用各方的各种资源；推进卫生资源配置结构的战略性调整，加大卫生资源结构调整力度，加快存量资源向公共卫生领域的转移，合理配置卫生资源。按照区域卫生规划要求，国有资产可以不同形式、不同程度地退出部分公立医疗卫生机构，将一部分退出兑现的资金集中投入到公共卫生体系的建设。