根据物流园区的规划功能以及不同功能区的业务特点、作业方式和布置形式，洋山深水港物流园区将规划布置七大功能区。
　　●港口辅助区。洋山港区的一部分生产辅助设施放至芦潮港地区配套工程的洋山港物流园区内，以减少外海造陆量。该物流园区内的洋山深水港区生产和辅助生产区设施主要包括集装箱拆装箱，集装箱空、重箱堆存、修箱等用地。规划面积约1.44平方公里。
　　●铁路换装区。其功能主要是提供港口通过铁路向内陆地区的转运条件，规划应设铁路装卸线、铁路站台、铁路拆装箱库场、铁路堆场等。规划面积约0.87平方公里。
　　●内河港区。为实现洋山深水港区集装箱多式联运，该物流园区内配套建设内河港区，其中内河集装箱港区设计年吞吐量100万TEU／年，设计船型采用江南水网地区内河集装箱自航驳。
　　●国际物流区。目标引进15家至20家国际著名的物流企业。该区主要实现物流的仓储、分拨配送和物流加工等基本功能。规划面积约..81平方公里。
　　●危险品作业区。为保证安全生产，危险品应集中布置，且一般在用地区域的边角地带和临水地带。规划危险品作业区位于五尺沟南侧，面积约25万平方米。
　　●综合配套设施区。提供政府配套服务，主要包含工商、税务、海关、商检、邮政等；以及包含银行、保险等金融配套服务，信息服务，和各种公共设施、设备服务，规划面积约60万平方米。
　　●口岸查验区。包括海关、检验检疫等口岸机构、闸口及检验设施，布置在园区靠近沪芦高速公路一侧内。园区内口岸服务区规划面积约66万平方米。