最初半小时落地的雨水将被当作“污水”处理，不得直接进入苏州河，苏州河二期整治将在截污治污上考虑得更加全面。苏州河整治二期工程目前已确定了5大类8个子项目组成，并将投资39.4亿元，所有项目都力争在年内启动。
　　据专家介绍，在下雨的最初一段时间内，雨水中往往会夹杂着大量的灰尘和垃圾，而目前这些水都是被一古脑排入苏州河，对水质造成一定污染。为此，本市下半年将率先启动“苏州河沿岸市政泵站雨天放江量削减工程”，新建南岸截流总管和4座初期雨水调蓄池，复兴村泵站增加截流设施，成都泵站增加打回笼水设施，芙蓉江、北新泾排水系统分流制改造，新建浙江北泵站。工程完成后，本市雨后最初半小时内降落的雨水将先被放入调蓄池，当作污水处理。另外，由于目前有不少市民利用阳台内下水管排放生活用水，有关部门已考虑不再把从这里进入泵站的水当作“雨水”对待，它们也将被打入污水管。
　　有关负责人表示，虽然苏州河整治一期工程取得了阶段性成果，水质已明显改善，但干流水质的保障机制还很脆弱，水质尚不稳定，尤其是市区河段6支流的污染仍然十分严重，两岸陆域环境也较差。为使苏州河与黄浦江、苏州河干流与支流水质的同步改善，苏州河二期整治工程将从截污治污、绿化、环卫、市政等多个方面着手，实施期限为2003年至2005年，争取在治水方面取得新的突破。
　　
二期整治内容
　　一、绿化类1项工程内环线以内基本建成滨河绿带走廊，同时建成大规模集中绿地15万平方米。二、环卫类1项工程新建普陀、长宁及黄浦生活垃圾中转站，建设苏州河中上游水域管理、保洁维修基地。三、市政类1项工程西藏路桥改造工程与西藏路综合改造工程同步建设。四、截污治污5项工程1、苏州河沿岸市政泵站雨天放江量削减工程。2、苏州河中下游水系截污工程。3、苏州河上游地区污水处理系统工程：建设上游黄渡镇污水处理系统，新建污水泵站3座，敷设管道40公里。减少点污染源367个，收集直排污水0.8万立方米／日，截流污水4.4万立方米／日。4、苏州河河口水闸建设工程：在苏州河河口建设可双向挡水的水闸，位于外白渡桥外侧，门型为液压水下卧倒门，实施苏州河水系“西引东排”和“东引北排”调水方案。5、其它1项工程：苏州河梦清园二期建设工程，用于青少年环境教育基地。