复旦大学以学科研究为主导，以学科结构调整为主线，以信息国际化为手段，实现跨越式的发展，努力向建设世界一流大学的目标努力奋进。在最近的国家重点学科评审中，该校获得了40个国家重点学科，占全国高校800个国家重点学科中的1/20。
　　在科技工作方面，复旦大学制定了六方面的战略措施：
　　1、面向国际科学发展前沿，面向国家和上海经济发展的主战场，面向国防和国家安全，选择性地组织战略团队。2001年，该校主持承担了3项国家重点基础研究发展规划（“973”）项目，居全国第一。2001年国家高技术研究发展计划（“863”）项目，复旦共有24项立项，其中生物技术和现代农业领域18项，为全国高校同一领域之冠；2002年，复旦又有34项课题获国家“863”计划立项资助。国家自然科学基金项目，复旦1999年有50项，2001年114项，2002年达到130项，增长势头越来越快。
　　2、加强硬件建设，提升基础建设水平。复旦现有5个国家重点实验室、7个教育部重点实验室、5个卫生部重点实验室。在实验室建设方面，学校充分考虑到学科的调整和资源的合理配置，最近2、3年明显加快了建设步伐，新增了教育部重点实验室3个、教育部工程中心2个和上海市重点实验室2个。学校在加大力度投入这些实验室的同时，又建立了一批创新体制的“科研特区”。
　　3、加强人才高地建设。该校启动了“985”计划，逐步提高了教师的岗位待遇，对稳定学校的科研人员发挥了重要作用；在引进人才上，近几年学校的投入加上各院系的投入已经超过1个亿。在科研方面，分别以杨玉良教授和余龙教授为带头人，组建了2支国家自然科学基金委的科研创新团队；学校还设立“青年教师科研基金”，每年大约是40个名额，每个名额资助5万到6万元，资助那些35岁以下、刚刚在复旦开始工作或是工作了几年而目前还没有独立的科学研究基金的青年教师。通过这个计划的实施，培养科研后备梯队，率先启动创新型的科研项目。通过这个计划，已有40％的受益者得到了国家和地方政府的更大支持。
　　4、大力推动交叉学科研究。这几年，复旦在启动“重中之重”学科和重点学科的同时，启动了11个交叉学科项目。学科交叉是新的增长点，产生了许多成果。如Med-X项目，学校拿出1000万支持医学和其他学科的交叉，目前已经实施了第一期。在“211”二期行动计划中，学校将实质性启动交叉学科研究平台的建设。
　　5、科学研究要国际化，加强国际间的合作与交流。去年到复旦访问、讲演的诺贝尔奖获得者不下10位；近千名国际顶尖科学家出席复旦组织召开的“合成金属国际会议”；复旦承担了一系列中美联合研究项目……复旦利用国际力量，拓宽了科研思路，增强了科研实力。
　　6、构筑良好的创新环境。2001年，复旦召开科技工作大会，调整出台了一系列新的科技政策，以此为杠杆调动科研人员的积极性。这些政策的出台产生了良好的效果。如与企业的合作，1998－1999年为1000万到1200万元，2001－2002年就已经是6000万到7000万元，上升了5倍多；复旦年到款科研项目经费，从1999年的7000万元到2002年的2.5个亿，每年以50％的幅度递增。另外，在科研体系的创新机制上，学校进行了深入的思考和有效的实践，如在神经生物学研究所和发育生物学基地采取的管理模式――首席专家负责制。在构筑良好创新环境的同时，学校还加强了对公平、公正、有效的评估体系的建设。