复旦大学按照“十五规划”提出的目标要求，充分发挥学科综合优势，以建设高水平医学院为纽带，以学科交叉为抓手，加强临床医学和基础医学的结合，加强医疗与教学、科研、人才培养的结合，加大对医学学科的投入和对附属医院的支持，建设强大的医学学科，带动学校整体教学、科研水平的提高。
　　到2001年底，该校从“985”专项经费中拨出6,700余万元用于医学学科建设，7,600万元用于基础设施建设，2,400余万元用于队伍建设，一定程度上缓解了医学学科长期投入不足的状况。在今后“211”二期的建设中，学校还将把医学学科的建设放在重要的位置，在大生命科学的背景下，就医学、生命科学发展的前沿，立足解决重大科学问题，明确若干主题，如脑科学研究、蛋白质组学研究、干细胞和组织工程研究、基因组学研究、重大疾病治疗等，建设全校性的科研平台。
　　与此同时，学校设立了Med－X基金，强调医学学科与其他学科的交叉，重点支持重大疾病研究、创新药物、生物医学工程、医疗保健改革等方面的研究，第一期投入500万元支持5个重点项目和18个一般项目，项目经过中期评估，大多进展良好。在去年的国家重点学科申报中，病原生物学和神经生物学等学科融合了两个校区的相关力量，在同行专家通信评议中均名列第一；分布于不同的医院的临床学科也通过整合和综合，充分体现了优势，获得了理想的评选结果。在与上海市计生委合作建设国家重点实验室和国家级生物工程技术中心的申报过程中，生命学院分别和医学院、药学院联合，发挥综合优势，取得了良好的效果。