海峡两岸直航开通后，对海、空航线都产生了一定的影响，并因此改变了附近的海运和空运业航线格局。
在海运航线方面，原先经由日本或香港中转的船舶，现在可直航台湾港口，导致今年1—3月日本、香港航线降到354艘次，与上年同期相比剧降36.8%。福建检验检疫局负责人还说，与日本、香港航线降温不同的是，由于“两马”、“泉金”旅客航线增加班轮，1—3月与台湾直航船舶比去年同期净增加662航次，同比增加了37.9%。
在空中航线方面，自去年12月份福州机场开通台湾台北航线，原先经由香港及澳门中转前往台湾的旅客锐减；今年1—2月福州—澳门航线完全取消，港澳航班锐减561架次，同比下降了42.7%。（欧阳进权）
