整个经济普查工作分为三个阶段。
2008年12月31日前为普查的准备阶段。主要工作有：组建地方各级普查机构，落实普查经费，开展宣传动员，制定并部署普查方案，进行普查试点，选调普查指导员与普查员，进行各项业务培训，开展单位清查，印制和发放普查表及普查物资等各项普查准备工作。
调查及数据处理阶段，时间大体为2009年一整年。主要工作有：普查入户登记、普查数据的搜集、整理、录入、审核、汇总加工和普查公报发布等。
资料开发和总结评比表彰阶段，时间大体从2010年开始。主要工作有：普查年鉴资料出版及利用普查结果开展的课题研究，总结评比表彰，建立基本单位名录库、基础信息数据库和统计电子地理信息系统等。
